Pada setiap pemasukan dan pengeluaran keuangan terhadap kegiatan pelayanan jasa pemanduan harus atas sepersetujuan terdakwa Lisa Yulia, sebagaimana yang tertuang dalam dokumen invoice yang merupakan dokumen penagihan terhadap kegiatan pelayanan jasa pemanduan yang telah selesai dilaksanakan ke agen kapal/ pengguna jasa, selanjutnya atas sepersetujuan terdakwa Lisa Yulia, maka diterbitkanlah dokumen Uang Muka Kerja (UMK) dan dokumen permintaan pembayaran tunai (PPT) untuk dilakukannya pembayaran penerimaan negara bukan pajak (PNBP) pemanduan.
Pada tanggal 8 September 2017 terjadi perpanjangan perjanjian kerjasama pertama antara Kantor Pelabuhan Batam dan PT BDP yang dibuat dan ditandatangani oleh Eko Santoso Budianto(ESB) selaku Anggota 3/ Deputi Bidang Pengusahaan Sarana Usaha Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam dan AJ selaku Direktur Operasional yang telah menerima kuasa dari Direktur Utama PT BDP.
Oleh karena sudah diketahui bahwa dalam pelaksanaan kegiatan pelayanan jasa pemanduan di wilayah perairan Kota Batam, harus melakukan perjanjian kerjasama operasional (KSO) sebagaimana perjanjian kerjasama antara PT BDP dan Kantor Pelabuhan Laut BP Batam tersebut, kemudian AJ dan ESB pada isi Surat Perpanjangan Perjanjian Kerjasama tersebut hanya memperpanjang jangka waktu pelaksanaan kegiatan pelayanan jasa pemanduan di wilayah perairan Tanjung Uncang (11 September 2017 sampai dengan 31 Desember 2017) dan sengaja tidak menindaklanjuti hasil rapat koordinasi tanggal 25 Maret 2015 dengan membuat suatu kesepakatan/perjanjian kerjasama operasional (KSO) pelayanan jasa pemanduan di wilayah perairan Kabil dan Batu Ampar.
Terdakwa Lisa Yulia selaku Direktur Utama PT BDP juga mengetahui terkait hal tersebut, dimana seharusnya terdakwa Lisa Yulia memiliki kewenangan untuk menghentikan kegiatan pelayanan jasa pemanduan di wilayah Kabil dan Batu Ampar, namun terdakwa Lisa Yulia tidak melakukan hal tersebut serta tidak melakukan kewajiban yakni pembayaran kontribusi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) pada BP Batam melalui Kantor Pelabuhan Laut BP Batam yang berlaku pada saat itu dengan dalil tidak ada perjanjian kersama operasional antara PT BDP dan BP Batam untuk wilayah perairan Kabil dan Batu Ampar.
Padahal kewajiban membayar PNBP pada BP Batam jauh sebelumnya sudah dilakukan dalam perjanjian kerjasama Nomor : 213/SPJ/A1/10/2012 dan Nomor : 012/DIR-BDP/X/2012 untuk pelaksanaan kegiatan pemanduan kapal oleh PT BDP untuk wilayah Tanjung Uncang.
Pada tanggal 14 November 2017, terdapat Surat Keputusan Bersama Menteri Perhubungan, dan Kepala Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam Nomor : KP 994 Tahun 2017 Nomor : 1456/SPJ/KA/11/2017 tentang Penyelenggaraan Pelabuhan di Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam.
Pada tanggal 29 Desember 2017 terjadi perpanjangan perjanjian kerjasama kedua antara Kantor Pelabuhan Batam dan PT BDP yang dibuat dan ditandatangani oleh Dwianto EKo Winartyo(DEW) selaku Anggota3/ Deputi Bidang Pengusahaan Sarana Usaha Badan Pengusahaan Kawasan Perdagangan Bebas dan Pelabuhan Bebas Batam dan AJ selaku Direktur Operasional yang telah menerima kuasa dari Direktur Utama PT BDP.
Oleh karena sudah diketahui bahwa dalam pelaksanaan kegiatan pelayanan jasa pemanduan di wilayah perairan Kota Batam, harus melakukan perjanjian kerjasama operasional (KSO) sebagaimana perjanjian kerjasama antara PT BDP dan Kantor Pelabuhan Laut BP Batam tersebut, kemudian oleh AJ dan DEW pada isi Surat Perpanjangan Perjanjian Kerjasama tersebut hanya memperpanjang jangka waktu pelaksanaan kegiatan pelayanan jasa pemanduan di wilayah perairan Tanjung Uncang (01 Januari 2018 sampai dengan 31 Januari 2018) dan kembali sengaja tidak menindaklanjuti hasil rapat koordinasi tanggal 25 Maret 2015 dengan membuat suatu kesepakatan/perjanjian kerjasama operasional (KSO) pelayanan jasa pemanduan di wilayah perairan Kabil dan Batu Ampar.
Sehingga PT BDP tidak melakukan kewajiban yakni pembayaran kontribusi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) pada BP Batam melalui Kantor Pelabuhan Laut BP Batam yang berlaku pada saat itu. Padahal kewajiban membayar PNBP pada BP Batam jauh sebelumnya sudah dilakukan dalam perjanjian Kerjasama Nomor : 213/SPJ/A1/10/2012 dan Nomor : 012/DIR-BDP/X/2012 untuk pelaksanaan kegiatan pemanduan kapal oleh PT BDP untuk wilayah Tanjung Uncang.
Atas perpanjangan perjanjian kerjasama tersebut, terdakwa Lisa Yulia tetap menyetujui dan menandatangani terhadap pembayaran kegiatan pelayanan jasa pemanduan diwilayah Kabil dan Batu Ampar sebagaimana laporan operasional yang di sampaikan oleh AJ.


